M20 Genomics推出的VITA高通量单细胞全长转录组平台,创新性地采用随机引物对RNA进行捕获,并使用先逆转录后单细胞标记的实验策略,实现了对包括新鲜组织、冻存组织和福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织在内的多种类型样本的检测。
在多数场景中,组织样本在采集后可以立即开始实验或进行冷冻储存,但在有些样品采集过程中,如野外采集等,由于现场条件的限制,组织样本在采集后无法立即开始上述后续操作,从而限制了单细胞测序的使用场景。
为了解决上述困扰并进一步拓展VITA平台的应用范围,我们推出一种可以直接用来固定组织样本的方案及配套的VITA Fixed RNA试剂(见图1)。通过这一新的组织固定方法,VITA平台能够为研究人员提供更加灵活和广泛的样本处理选项,以适应不同的研究需求和实验条件。
图1. VITA Fixed RNA试剂
VITA Fixed RNA试剂组织固定方法:
01使用PBS对组织清洗后,立即将组织放入VITA Fixed RNA固定液中,剪碎,在4℃下固定24小时或更长时间。
02如果需要运输组织,可以在固定阶段进行4℃运输,确保固定和运输的总时间不超过5天。
03固定完成后,再次用PBS对组织进行清洗,然后将组织转移至-80℃中保存,保存时间不超过6个月。
为测试上述直接固定方案的保存效果,我们使用VITA单细胞转录组平台对同一只小鼠肾的新鲜组织、冻存组织、FFPE组织和VITA Fixed RNA固定组织分别进行检测。细胞核质控结果显示,VITA Fixed RNA固定组织与新鲜组织、冻存组织和FFPE组织在细胞核提取的完整度、结团率和双胞率方面相似(见图2)。
图2.不同保存方法抽核结果对比
我们检测了反转录后的cDNA,以研究不同保存方法对RNA片段和模板量的影响。结果表明,VITA Fixed RNA固定组织的RNA片段大小及模板量,与新鲜组织、冻存组织相似,且优于FFPE组织(见图3)。
图3. 不同保存方法cDNA片段化分析结果对比
我们对VITA Fixed RNA固定组织与新鲜组织、冻存组织的基因表达进行了相关性分析。结果显示,其基因表达相关性较高(见图4),且与其他样本(新鲜、冻存、FFPE整合UMAP图)的细胞分群结果表现出良好的可重复性(见图5)。这表明,VITA Fixed RNA固定方法对样本中细胞类型的检测没有显著影响,为进一步研究提供了可靠的基础。
图5. VITA Fixed RNA固定组织(左)与其他保存方式组织(右)UMAP对比分析
综上所述,直接使用VITA Fixed RNA试剂固定组织在细胞核完整性、cDNA质量、基因表达相关性和细胞类型检测方面都表现出了相当优异的结果。
我们期望这一直接固定方案能在更多的场景和更广泛的研究领域中得到应用,助力科学家们揭示更多关于细胞功能和疾病机制的深层次信息。未来,我们将持续优化和完善VITA平台,以满足不断变化的场景下的研究需求,并为科学研究带来更多突破性的成果。