M20-seq技术基于随机引物原理,在细胞(核)/细菌内原位逆转录后进行单细胞标记及测序。M20-seq基于随机引物原理可对RNA分子全长进行无偏捕获,此外可以捕获包含lncRNA、CircleRNA在内的非编码RNA。因此,M20-seq技术可在单细胞水平展开更多维度的研究。
石蜡包埋样本,RNA降解样本均存在RNA降解情况。经典的mRNA降解通用模型中,Poly(A)尾变短(即脱腺苷化)时, poly(A)结合蛋白PABPC从mRNA上释放下来,mRNA随即被降解。而传统单细胞技术基于Poly(A)进行RNA捕获,因此对RNA完整度要求较高,对石蜡包埋样本,RNA降解样本效果较差。
而细菌RNA本身不具有 poly(A)结构,因此传统单细胞技术无法检测。
M20-seq技术基于随机引物原理,即使RNA分子有一定程度降解、没有poly(A)结构,仍可捕获RNA分子后进行细胞标记,因此可以进行石蜡包埋样本,RNA降解样本、细菌样本的单细胞检测。
实验流程如下:
实验流程图
从样本解离至文库构建完成时长约1.5-2.5天。
实验可暂停步骤:细胞核提取后、RNA逆转录后、cDNA延伸后、cDNA扩增后。
原位逆转录结束后,在cDNA末端加上捕获接头,捕获接头可与微珠上的oligo序列互补配对。配对后进行延伸使得cDNA链加上细胞标签,完成单细胞标记。
单细胞标记示意图
仪器设备性能详情如下:
第一步需要使用VITAseer进行数据处理,后续兼容其他单细胞分析软件。