没有限制要求,细菌的直径一般在0.5~10μm之间,均符合检测条件。
此处单菌指种水平的一个细菌物种。
粪便样本前处理:加入PBST(含RNA酶抑制剂)涡旋混匀后过滤去除杂质,上清液高速离心,取微生物沉淀进行后续固定。无需富集培养。
单菌细胞数:2000-3000,测序量30-60G;
混菌细胞数:5000-10000,测序量150-300G。
RNA比例相对较高仅造成数据量的损耗。细菌核酸量较少,增加测序量可以获得足够的基因进行后续分析。
可研究细菌表达水平的异质性,揭示平均值掩盖的差异。
只要有表达差异,可以检出。
可以反映细菌丰度,与宏转录组稍有差异,优势物种相似。
需要。
可以,目前已实现了多菌互作的测试。
根据研究目的可进行功能验证,如构建荧光报告菌株、流式分选等。